Karanténa může být zaměstnanci nařízena orgánem veřejného zdraví (krajská hygienická stanice) nebo poskytovatelem veřejných služeb (praktický lékař).
Karanténa je překážka v práci, která má stejný režim jako dočasná pracovní neschopnost (nemoc). To znamená, že zaměstnanec má nárok na náhradu mzdy ve výši 60 % průměrného výdělku po dobu prvních 14 dní karantény a od 15. dne bude čerpat nemocenskou ze systému nemocenského pojištění. Vztahuje se i na zaměstnance pracující na DPP a DPČ. Nákladem zaměstnavatele je tedy prvních 14 dní trvání karantény.
Situaci, kdy je u konkrétního zaměstnance podezření na nákazu, nebyla u něj ovšem nařízena karanténa, lze řešit několika postupy:
- zajistit nařízení karantény – zaměstnanec musí kontaktovat krajskou hygienickou stanici nebo svého lékaře, případně tuto skutečnost může ohlásit sám zaměstnavatel krajské hygienické stanici;
- neplacené volno – zaměstnavatel nemůže neplacené volno nařídit; lze tedy pouze na základě žádosti zaměstnance nebo dohody se zaměstnancem;
- náhradní volno – pokud má zaměstnanec nadpracované přesčasy, může mu je zaměstnavatel nařídit vyčerpat (v případě existence dohody mezi zaměstnancem a zaměstnavatelem, že místo náhrady za přesčas bude zaměstnanec čerpat náhradní volno);
- nařízení čerpání dovolené – zaměstnavatel může zaměstnanci nařídit čerpání dovolené, ovšem minimálně 14 dní před počátkem jejího čerpání; v kratším čase je možné nařídit dovolenou pouze se souhlasem zaměstnance; nebude-li dodržena podmínka dohody o zkrácené lhůtě pro oznámení, jedná se o přestupek, za jehož spáchání může orgán inspekce práce uložit pokutu až do 200.000 Kč;
- home office – je možný pouze po dohodě se zaměstnancem a je-li to vzhledem k jeho pracovní pozici možné; zaměstnanec má právo na náhradu nákladů spojených s prací z domova a současně musí být proškolen na bezpečnost a ochranu zdraví při práci.
V případě, že se vyskytne nemoc v rodině konkrétního zaměstnance a je vyžadována návštěva lékaře, náleží zaměstnanci za splnění podmínek (prohlídku nelze absolvovat mimo pracovní dobu, doprovod rodinného příslušníka je nezbytně nutný) volno s náhradou mzdy ve výši 100 % průměrného výdělku na nezbytně nutnou dobu, nejvýše na 1 den. Nenáleží zaměstnanci na DPP a DPČ, ledaže bylo sjednáno jinak.
Péče o děti mladší 13 let (z důvodu nemoci nebo uzavření školky/školy při pandemii) nebo o člena domácnosti zaměstnance zakládá nárok na neplacené volno. Zaměstnanec má při splnění podmínek (především u dítěte mladšího 13 let, ale též nezbytné ošetřování člena domácnosti) nárok na ošetřovné (dávka nemocenského pojištění), které hradí stát.